Khi chuyển mục đích sử dụng đất, tùy từng trường hợp cụ thể, tổ chức kinh tế sẽ phải nộp hoặc không phải nộp tiền sử dụng đất.
Theo quy định của pháp luật hiện hành thì việc thu tiền sử dụng đất khi tổ chức kinh tế chuyển mục đích sử dụng đất sẽ được thực hiện như sau:
a) Chuyển từ đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp được giao không thu tiền sử dụng đất sang đất ở; chuyển từ đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp được giao không thu tiền sử dụng đất sang đất nghĩa trang, nghĩa địa thì thu 100% tiền sử dụng đất theo giá của loại đất sau khi chuyển mục đích.
b) Chuyển mục đích sử dụng từ đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp không phải là đất ở được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất hoặc cho thuê đất sang đất ở thì thu tiền sử dụng đất như sau:
- Trường hợp được Nhà nước giao đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp không phải là đất ở có thu tiền sử dụng đất trước ngày 01/7/2014, khi được chuyển mục đích sang đất ở thi nộp tiền sử dụng đất bằng mức chênh lệch giữa tiền sử dụng đất tính theo giá đất ở trừ (-) tiền sử dụng đất tính theo giá đất của loại đất trước khi chuyển mục đích của thời hạn sử dụng đất còn lại tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất.
- Trường hợp được Nhà nước cho thuê đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp không phải là đất ở theo hình thức trả tiền thuê đất hàng năm, khi được chuyển mục đích sang đất ở đồng thời với chuyển từ thuê đất sang giao đất thì nộp 100% tiền sử dụng đất theo giá đất ở tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất.
- Trường hợp được Nhà nước cho thuê đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp không phải là đất ở dưới hình thức trả tiền thuê đất một lần, khi được chuyển mục đích sang đất ở đồng thời với chuyển từ thuê đất sang giao đất thì nộp tiền sử dụng đất bằng mức chênh lệch giữa tiền sử dụng đất tính theo giá đất ở trừ (-) tiền thuê đất phải nộp một lần của loại đất trước khi chuyển mục đích theo thời hạn sử dụng đất còn lại tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất.
Đối với đất của các tổ chức là đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính, doanh nghiệp có vốn nhà nước thuộc Trung ương quản lý, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định việc chuyển mục đích sử dụng đất cùng với việc chuyển đổi công năng sử dụng của công sản theo quy định sau khi có ý kiến thống nhất bằng văn bản của Bộ Tài chính.
c) Chuyển mục đích sử dụng từ đất nông nghiệp được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất hoặc cho thuê đất sang đất nghĩa trang, nghĩa địa thì thu tiền sử dụng đất theo nguyên tắc quy định tại Điểm b Khoản này.
d) Chuyển mục đích sử dụng đất đối với trường hợp tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp theo pháp luật đất đai để thực hiện dự án đầu tư mà phải chuyển mục đích sử dụng đất thì thu tiền sử dụng đất như sau:
- Trường hợp tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp để thực hiện dự án đầu tư mà phải chuyển mục đích sử dụng đất sang đất ở, đất nghĩa trang, nghĩa địa thì nộp tiền sử dụng đất theo giá đất quy định tại Điểm b, Điểm c Khoản 3 Điều 3 Nghị định này của loại đất sau khi chuyển mục đích sử dụng đất.
- Khoản tiền tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất được trừ vào số tiền sử dụng đất phải nộp khi chuyển mục đích. Khoản tiền này được xác định theo giá đất của mục đích sử dụng đất nhận chuyển nhượng tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất nhưng không vượt quá số tiền bồi thường, hỗ trợ tương ứng với trường hợp Nhà nước thu hồi đất theo quy định của pháp luật.
- Khoản tiền tổ chức kinh tế đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nêu trên được xác định như sau:
+ Trường hợp giá đất để tính tiền sử dụng đất của loại đất sau khi chuyển mục đích được xác định bằng phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất thì giá của loại đất nhận chuyển nhượng cũng được xác định bằng phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất.
+ Trường hợp giá đất để tính tiền sử dụng đất của loại đất sau khi chuyển mục đích được xác định bằng các phương pháp so sánh trực tiếp, chiết trừ, thu nhập, thặng dư thì giá của loại đất nhận chuyển nhượng cũng được xác định lại theo các phương pháp này.